反渗透系统的故障现象主要有三类：
透水量减少、盐透过率增大以及压降增大，反渗透系统出现故障会导致脱盐率的下降和产品水量的降低，如果二者或其中之一缓慢地降低，则可能是污垢或水垢产生的常见现象，可以通过清洗反渗透系统来解决问题。
1．评估反渗透系统机械和化学问题
反渗透系统机械问题主要是O形圈的损坏、盐水密封的损坏、泵的损坏、管道和阀门的损坏、不精确的仪表等。反渗透系统化学问题一是酸添加的不适当，高剂量的酸会损坏膜或引起基于硫酸盐的结垢，低剂量会导致碳酸盐或基于金属氢氧化物的垢或污染；二是阻垢剂添加的不适当，高剂量可能导致污染，低剂量可能导致结垢。
2．鉴定反渗透系统污染物
一是分析进料液、盐水和产品液的无机成分，总有机碳(TOC)、浊度、pH值、TDS、总悬浮固体(TSS)、SDI和温度，其中SDI、TSS和浊度的测定能提供微粒物质污染的依据，TOC的测定可预示有机物的污染倾向；二是浸渍和分析反渗透系统进料液筒过滤器或SDI过滤器滤垫。
3．反渗透系统核实仪表操作
包括压力表、流量计、pH计、电导率计、温度计等，必要时重新校正。
4．分析反渗透系统进料水化学条件的变化
将现行的进料水分析和设计时的基准数据相比较，进料水化学条件的变化会产生增添预处理或更新原有预处理设备的需求。
5．重新检查反渗透系统的操作数据
检验操作记录、通量及脱盐率的变化，考虑温度、压力、给水浓度、膜的年龄等对产量和脱盐率的影响。
6．选择反渗透系统合适的清洗方案
在清洗方案的选择中，应考虑以下因素：膜的类型和清洗剂选择的相容性，清洗设备的需求，系统的结构材料，污染物的鉴定等。
